卵巢囊肿的原因在很大程度上和遗传因素有关，这方面就要求患者首先多注意家族疾病史。但对于大多数患者来说，卵巢囊肿的原因和自身身体健康和环境因素有很大的关系，这也是不能忽视的。
导致卵巢囊肿的原因还包括食物的污染，如蔬菜等使用的植物生长激素，如家畜家禽等配方饲养中瘦肉精类的激素成份。研究还发现，欧美国家卵巢肿瘤的高发病率可能与食物中胆固醇含量高有关系。
近年来我国随着生活水平的提高及饮食习惯的西化，及一部分中亲年女性滥用诸如丰乳、减肥、及减缓衰老等的激素类药物及滋补品，是呈高发性、年轻化趋势卵巢囊肿的原因之一。
卵巢囊肿的原因主要就是以上这些，要注意的是，这些因素往往会影响到女性内分泌系统，继而引发一系列妇科疾病。因此，在分析卵巢囊肿的原因时，还要注意检查患者的其他疾病的可能性。
